בית הספר התיכון השש שנתי "עין כרם" בו לומדים ילדי הפנימייה, חרט על דגלו שיווין הזדמנויות לכלל התלמידים תוך טיפוח מצוינות והישגיות. בבית הספר חטיבת ביניים וחטיבה העליונה בה מגוון רחב של מקצועות בחירה לבגרות במקביל למקצועות החובה. התלמידים לומדים בשיטות חדשניות המפתחות למידה עצמאית, חקר, מעורבות ואחריות לסביבה.
נוסף לכך, בבית הספר כיתות מופ"ת מדעיות המאפשרות צבירת נקודות זכות לקראת תואר ראשון באוניברסיטת בר אילן. במקום גם משק חקלאי, הקולט אליו תלמידים להתנסות בלמידה סביב פרויקטים.
בית הספר זכה להכרה כבית ספר ניסויי המפתח דרכי למידה ייחודיות בדגש על אחריות חברתית, וכן נמצא ברשימת בתי הספר הערכיים ביותר מטעם משרד החינוך.
לאתר ביה"ס ניסויי עין כרםפנימית עין כרמית חותרת למימוש הפוטנציאל הלימודי של חניכיה. בפנימייה ניתנת עזרה לימודית אישית לכל חניך וחניכה באמצעות שעורי עזר פרטניים, הקניית אסטרטגיית למידה לבעלי לקויות למידה ושיעורים המועברים על ידי מורים מקצועיים ומיומנים בכל המקצועות הנדרשים. כמו כן, ישנם מרכזי למידה בשעות אחר הצהריים לכלל שכבות הגיל בפנימייה. כל אלו מאפשרים לימודים איכותיים והישגים מרשימים בבחינות הבגרות.
למידה 360 מעלות – בפנימייה מרכז למידה הפועל 4 ימים בשבוע משעות הצהריים ועד שעות הערב. הלמידה מועברת על ידי מורים מקצועיים וסטודנטים למקצועות ההוראה. כל ילד מקבל תמיכה לימודית מותאמת אישית בהתאם לצרכיו וליכולותיו. בנוסף, מתקיים זמן הכנת שיעורי בית בכל יום במהלך השבוע בין השעות 17:00-18:30, במהלכן מסייעים מתנדבי שנת שירות, מורות חיילות וצוות ההדרכה הבוגר בלמידה.