בפנימיית עין כרמית מופעלים מדי יום חוגים שונים, ביניהם: חוגי מוסיקה, ריקוד (ברייקדאנס והיפהופ), תיאטרון, אמנות, כדורגל, כדורסל, קפוארה ולהקת זמר ייצוגית. כמו כן, לרשות החניכים עומד חדר מחשבים חדשני, חדר כושר מאובזר ואולם תרבות. בפנימייה ישנו גם מועדון חברתי ששמו "הנקודה", המאפשר לחניכים להירגע מעומס היום יום ולהעשיר את שעות הפנאי בקריאה ובמשחקי חשיבה.
בפנימייה תוכנית חינוכית-ערכית שנתית מותאמת לכל שכבת גיל, שבבסיסה חינוך לערכים, גיבוש והעשרה. הפעילות מועברת אחת לשבוע על ידי צוות ההדרכה בכל שכבה. בנוסף, מתקיימת בעין כרמית תוכנית "אחרי"- הכנה לבנים ולבנות לשירות משמעותי בצה"ל.